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Nature Genetics最新发表应用甲基化芯片研究白血病文章

关键词: 甲基化 芯片 白血病来源: 互联网

表观遗传修饰(epigenetic modification) 是指基于非基因序列改变所致基因表达水平的变化,如DNA甲基化、组蛋白乙酰化和甲基化、RNA相关性沉默等。近年来大量的研究表明表观遗传学改变与细胞的生长、分化、凋亡、转化及许多疾病的发生发展都密切相关,尤其是在肿瘤的发生过程中扮演着重要的角色。

急性单核细胞白血病(AML-M5)属于造血系统恶性肿瘤,表现为骨髓和外周血原始和幼稚单核细胞增多,其临床进程凶险,患者易发生髓外浸润,3年平均无病生存率仅有25%,且复发率高。因而寻找特异性的生物学标志和治疗手段,改善该型白血病疗效,是目前亟待解决的问题之一。

上海血液学研究所所长陈赛娟院士实验室一直致力于白血病的诊断、分型、治疗和预后研究,许多重要实验成果已经发表在Science等国际权威杂志。该实验室最近通过对急性单核细胞白血病样本的筛查,发现DNMT3A(DNA甲基化相关基因)存在高频突变现象。进一步研究发现DNMT3A突变会降低其编码的酶活性,并且通过DNA甲基化芯片技术(MeDIP-chip)和表达谱芯片技术证实了DNMT3A突变对DNA甲基化模式和基因表达具有重要影响,为研究DNMT3A在M5亚型急性单核细胞白血病中的功能机制提供了线索。该实验室还通过将DNMT3A突变与临床病理指标进行联合数据分析,发现DNMT3A可以作为一种新的分子标志,用于M5型白血病的预后预测。这些研究成果已经发表在Nature Genetics杂志上。

图1为本次研究的实验思路及技术线路图(其中甲基化芯片实验由康成生物完成)。首先研究者通过全外显子组捕获和第二代测序技术,获得了9例AML-M5患者白血病细胞的全基因组外显子的序列信息,检测到累计63个基因突变。进而通过更大量白血病样本(103例)和正常人样本(509例)的验证,发现 DNA甲基转移酶3A的编码基因--DNMT3A在M5型白血病中突变率高达20.5%。

研究者抓住这一重要发现,进一步研究了该突变基因的功能。他们通过对突变基因转录活性分析、蛋白质结构-功能分析、酶活性测定以及细胞增殖实验,证实该基因突变位点编码的氨基酸位于蛋白质的重要功能域,影响了蛋白质的正常功能,从而赋予细胞恶性增殖和转化的能力。
 

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