1, 普通阴性对照

siRNA实验应该有阴性对照；
通用阴性对照为与目的基因的序列无同源性的普通阴性对照；
Scrambled阴性对照和选中的siRNA序列有相同的组成，但是和mRNA没有明显的同源性；
阴性对照需要确定和目的靶细胞中其它基因同源性很低。
 

2, 荧光标记阴性对照

RNAi negative control与哺乳动物基因无同源性；
通过标记荧光，可以方便地在荧光显微镜下观察转染情况；
可用于优化转染条件和评价转染效率；
具备很好的pH耐受性，在活细胞中更稳定。
 

3, siRNA阳性对照

阳性对照作为一个实验系统检查是很重要的。
可以利用阳性对照来确认RNAi实验中转染、RNA提取和基因表达检测方法是可靠的。
siRNA阳性对照较为常用的如下：
LaminA/C，GFP22，Luciferase GL2， MAPK1， Beta-Actin，Vimentin， P53， GAPDH， Cyclophilin B

4, ­转染试剂对照

对于一个完善的对照系统，转染试剂对照(Mock transfection )是不可缺的。
转染试剂对照可以检测转染试剂对细胞的毒性、细胞的成活率等细胞转染的各个因素影响。

5, 避免Off-target对照

对于RNAi研究来说，在哺乳动物中，off-target效应是一个十分关注的问题。
有大量的报道，一个siRNA影响多个基因的表达。
因此，大量研究关注于用针对同一个基因的不同区域的多个siRNA进行实验，
然后分析各自对基因表达效果的影响。理想的结果是针对不同区域的siRNA对同一个靶基因产生相似的干扰效果。