蛋白质组学分子扫描仪方法       经典方法的特征是用高分辨率的技术分离蛋白质，然后在几个月内这些蛋白质都可用于分析。这种经典方法的一个瓶颈是与繁重的样品处理有关，即在2D-PAGE上对大样品进行所有组分的系统鉴定。在分子扫描仪方法(Binz等，1999a；Bienvenut等，1999)中，通过1D―SDS或2D―PAGE分离的蛋白质同时消化，并通过电转移到一个收集膜中。在膜上，消化的肽浓缩成一些斑点，这些斑点的位置对应于肽的“母”蛋白在初始胶上的斑点位置。MALDI基质溶液在膜上沉积之后，收集膜并插入一台基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)仪器中，然后进行一个格点的扫描(scanned。nagrid)(格点扫描优于平均斑点大小的扫描)，并由每一个格点产生一个肽质量指纹谱。所有的数据都可用于单个的蛋白质鉴定。这归功于数据的冗余和格点扫描的高分辨率，故能提取出消除了噪声的综合图谱(Muller等，2002a，b)。这种方法不需要化学染色过程，它是完全并行的(所有的蛋白质的消化在一个步骤进行)，并使样品处理降到了最低限度(一个单个的消化操作和一个单个的样品从胶到质谱靶的转移)。此法还有一个潜在的优势：因为靶表面在一个较长的时间内是稳定的，所以可以设计一些与结果相关的搜索探测，例如，在膜的特别位置运行MS／MS搜索探测、确认鉴定或进行从头测序实验。   分子扫描仪       这项技术还有多种改造技术，如LC和iD―SDS的组合可取代2D―PAGE作为主要的分离系统。因为样品在收集膜中保持稳定，所以特别的目标斑点或目标带可以提送至MS／MS搜索探测，以证实鉴定或对分析样品的原始蛋白质成分进行进一步的特征描述。