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蛋白质组学分子扫描仪方法

关键词: 蛋白质组 学分 扫描来源: 互联网

蛋白质组学分子扫描仪方法       经典方法的特征是用高分辨率的技术分离蛋白质,然后在几个月内这些蛋白质都可用于分析。这种经典方法的一个瓶颈是与繁重的样品处理有关,即在2D-PAGE上对大样品进行所有组分的系统鉴定。在分子扫描仪方法(Binz等,1999a;Bienvenut等,1999)中,通过1D―SDS或2D―PAGE分离的蛋白质同时消化,并通过电转移到一个收集膜中。在膜上,消化的肽浓缩成一些斑点,这些斑点的位置对应于肽的“母”蛋白在初始胶上的斑点位置。MALDI基质溶液在膜上沉积之后,收集膜并插入一台基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)仪器中,然后进行一个格点的扫描(scanned。nagrid)(格点扫描优于平均斑点大小的扫描),并由每一个格点产生一个肽质量指纹谱。所有的数据都可用于单个的蛋白质鉴定。这归功于数据的冗余和格点扫描的高分辨率,故能提取出消除了噪声的综合图谱(Muller等,2002a,b)。这种方法不需要化学染色过程,它是完全并行的(所有的蛋白质的消化在一个步骤进行),并使样品处理降到了最低限度(一个单个的消化操作和一个单个的样品从胶到质谱靶的转移)。此法还有一个潜在的优势:因为靶表面在一个较长的时间内是稳定的,所以可以设计一些与结果相关的搜索探测,例如,在膜的特别位置运行MS/MS搜索探测、确认鉴定或进行从头测序实验。   分子扫描仪       这项技术还有多种改造技术,如LC和iD―SDS的组合可取代2D―PAGE作为主要的分离系统。因为样品在收集膜中保持稳定,所以特别的目标斑点或目标带可以提送至MS/MS搜索探测,以证实鉴定或对分析样品的原始蛋白质成分进行进一步的特征描述。

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