指动物细胞不是因外源性感染而是在染色体组上保持着的病毒（Retrovirus中的 provirus）时，此病毒即称为内源性病毒。此类病毒多呈不显性感染。内源性病毒为什么存在于生殖细胞内或开始就是动物所具有的病毒的原始型？现在都还不清楚。原始病毒是通过精子和卵来遗传的，其遗传基因的发生被调节而分成若干个。根据其发生的状态，表现为产生细胞性辅助因子（例如鸡的辅助者因子 CHF）、产生致肿瘤 RNA病毒的族特异性抗原（ gs抗原），全部发生时则产生病毒等各种各样的状态。在小白鼠身上发生时多引起白血病或乳癌等。此种调节基因也位于细胞的遗传基因上，认为也支配着病毒的发生。此外影响病毒发生的可举出有机体或培养细胞的老龄化（ aging）、致癌物质的投给、放射线照射等。内源性病毒的诱发常使用溴脱氧尿苷（ BUdR）、碘脱氧尿苷（ IUdR）、硝基喹啉氧化物（ 4NQO）等，并还有因肉瘤病毒或白血病的感染而诱发者。被诱发的病毒有致癌性明显的和不明显的，而对原来的细胞有时具感染性，有时不具感染性。鸡的内源性病毒不仅限于各系统的鸡种，甚至在原鸡（ jungle fowl）或鹦鹉、山鸡中也见有类似的病毒。