即根据反应类型对酶进行分类。也可以按照它的化学特性和生理上的意义或存在状态等来分类，但主要还是根据其催化反应的类型进行分类。根据反应类型进行分类虽也出现过混乱情况，但自1957年以来，国际化学联合会及生物化学联合会下设置了酶委员会，对此进行了整理。按照 1964年提案，根据反应类型把酶分成 6大类，进而再将各大类细分为亚类、次亚类。大类有：（ 1）氧化还原酶（ oxido-reduc t-ase）。（ 2）转移酶（ transferase）。（ 3）水解酶（ hydrolase）。（ 4）裂合酶（ lyase）：催化特定基团的脱离和朝向双键结合。（ 5）异构酶（ Isome-rase）。（ 6）合成酶（ ligase）：在催化 ATP等核苷三磷酸高能键水解的同时，催化新的分子内键的生成。亚类、亚亚类的分类是根据详细的反应形式和底物种类进行的。以上分类只限于单一酶，复合酶未包括在内。