性染色体之一。在雄性是异质型的性决定的生物中，雄性所具有的而雌性所没有的那条性染色体叫Y染色体。在减数分裂时与 X染色体配对， X染色体和 Y的行为像是一对同源染色体，因此被认为在它们之间部分是同源的，但相互之间在形态和构造方面大多是不同的。当然 X染色体和 Y染色体在同源部分是能够互相交换的。 Y染色体数目不一定只有一个，象酸模（ Y1 Y2 ）之类就含有几个 Y染色体，但在减数分裂分离的时候由于常集在一起行动，所以实质上就像是 1个 Y染色体。 Y染色体分化的机制以及其功能还不清楚，果蝇中 Y染色体几乎仅由异染色质构成，一般 Y染色体只有几个基因，对性别决定并不起什么作用，认为存在着多基因系。另一方面，在石竹科（ Caryophyllaceae）的 Melandrium的 Y染色体即使有一个，而 X染色体有三个，也具有强烈的决定雄性的能力。在大麻（ Cannabis）中， X染色体决定着植株成为雌性， Y染色体决定着植株发育成为雄性。在人类中， Y染色体上有很强的决定男性的基因，即使在具有多余 X染色体的个体中，只要存在 Y染色体，内外性器官就都是男性型的。而带有二个 Y染色体的男性，身材很高，特别是下肢有变长的倾向。人的 Y染色体的长臂末端部分用喹啉氮芥染色，可以发出很强的荧光。在细胞分裂期间的体细胞核内，可以观察到这一部分呈能发出荧光的小体，所以把它叫做 F小体（荧光小体为 fiuorescent body），可用来进行性别鉴定。