为侧链具有高疏水性的氨基酸之总称。某溶质的疏水性（Hydrophobicity），是以其从水移于有机溶剂时的自由能的变化量来测定的，可通过在水和有机溶剂中的溶解度而测出。氦基酸侧链的疏水性，是从各氨基酸的疏水性减去甘氨酸疏水性之值来表示（C.Tanford）。疏水性氨基酸有色氨酸、苯丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、蛋氨酸、脯氨酸和丙氨酸。疏水性氨基酸在蛋白质内部，由于其疏水的相互作用，而在保持蛋白质的三级结构上起作用（参见疏水结合）。另外在酶和基质、抗体和抗原间的相互作用等各种非共价键的分子结合方面，具有重要作用，例如在抗体的与抗原结合的部位上有很多疏水性氨基酸，它参与与半抗原的结合。在维持生物膜的结构方面，疏水性氨基酸也具有作用，例如在红血球膜上存在的血型糖蛋白其膜内部分有许多疏水性氨基酸，形成一个疏水的区域。