限制酶 restriction enzyme 参与寄主支配性限制的酶。是可识别 DNA的特定碱基排列而切断链的核酸内切酶，因此，又称为核酸内切限制酶，目前已从各种细菌类中得到纯化的特异性不同的酶。这种酶广泛存在于生物界，并因生物种属的不同而其特异性有所不同。因此在酶的名称上加有生物种属的简称。例如，从流感嗜血杆菌 d（ H－ aemophilus influenzae d）菌株中分离出的酶称为 Hind限制酶或 R． Hind（ R为限制的缩写）。又在同一生物种属中含有复数的酶时，则再加上 I， I等数字，从大肠杆菌的 B株、 K株等分离出来的酶，在反应时，必须有 ATP、 S-腺苷蛋氨酸和 Mg2 。与此相对应的，从持有耐药因子的大肠杆菌中分离出的酶（ R． Eco RⅠ，Ⅱ）和从嗜血杆菌属（ Haemoph-lius）分离出的酶（ R． Hap， R． Hind， R． Hpa等），只需要 Mg2 。这些酶决定着切断部位的碱基排列。虽排列因酶而有所不同，但都是具有双重旋转对称性。例如， R· HindⅡ如下图所示，是在第 6个碱基排列的部位按箭头的位置切断（ A：腺苷， C：胞苷， G：鸟苷， T：胸苷， P：磷酸）：另一方面，该菌含有的修饰酶在上面排列的腺苷上（带 *号的）使其甲基化，一旦甲基化后限制酶就不起作用了。通常认为限制酶和修饰酶在结构上是有关连的，例如，大肠杆菌 B株的限制酶是由三个亚基组成，而修饰酶是由其中的二个亚基组成。