人类虽然自远古时期就和微生物在地球上共处，并且不断地遭遇微生物所引起的各种疫病，而且数千年前就会制造酒和面包这类由微生物发酵后所产生的食物，但是却至十七世纪中叶才由一位荷兰布商李文虎（Antony van Leeuwenhoek）用自制的简单显微镜，在从自己的蛀牙所取出的检体中看到它们的形体。 十九世纪中叶，被后代尊称为「微生物学之父」的巴斯德（Louis Pasteur），更进一步以科学实验证明空气中充斥着可以使得肉汤变浊酸败，而借着煮沸就可以使其失去活性的微小生物。这个发现改变了人们长久以来认为像「肉腐生蛆」一样，生物可以从没有生命的物质生出的错误想法，并且第一次显示了微生物的发酵作用。由这个实验所延伸出来微生物或许可以造成活体组织感染的观念，透过如德国的柯霍（Robert Koch）和英国的李斯特（Joseph Lister）等人所进行的研究，终于在十九世纪末叶证实了微生物和疾病的关系。