在阴离子表面活性剂十二烷（基）磺酸钠（SDS）存在下进行的一种聚丙烯酰胺凝胶电泳。由2－巯基乙醇等将S－S键切断的蛋白质，在SDS溶液中，大多是1克约与1.4克的SDS结合，形成电荷密度大致一定的复合体。所以在凝胶中电泳的速度是由蛋白质的分子量决定的。所以用分子量已知的标准蛋白质，则可以迅速而准确地测出蛋白质的分子量，这已被广泛应用。对含有亚单位的蛋白质来说，可测得各亚单位的分子量。值得注意的是，有的糖蛋白或膜蛋白等有时呈异常值的现象。测定的材料不一定要求很纯，因分离效果好，所以也常用于对蛋白质混合物之分离。与等电点电泳配合，进行双向电泳（O′Farrell法），可分离和测定多种蛋白质。