硕士毕业后，胡建英和丈夫一起前往日本，在广岛大学工学研究科获得博士学位后，又在日本厚生省国立公众卫生院工作了5年。那时从事的饮用水中化学物质对健康影响的研究，奠定了胡建英日后的研究方向。

　　1999年回国后，胡建英受聘在北大城市与环境学院任教，开始从事环境污染及生态与健康风险方面的研究，试图通过调研和实验，找到环境污染与生态及健康效应之间的直接关系。

　　人类制造的许多污染物都广泛而持久地存在于自然环境中，它们的存在很有可能会影响到生态系统和人类的健康，比如内分泌干扰物质。类固醇激素是至今为止最受关注的内分泌干扰物质，鱼类长期暴露在含低浓度类固醇类激素的环境中，会导致其性别发育出现问题，严重时可引起鱼类性别的转变。可是在环境中，这些物质的含量通常很低，分析检测难度大。而且，通常的毒理研究都只是把生物体短期暴露在高浓度的化学物质中进行观察，而在实际环境中，这些微量物质对生物体的影响需要在食物链中传递，甚至是在很多代生物体之间传递和积累之后才能显现。