按照会议部署，此次专项治理工作至今年年底基本结束，分动员部署、自查自纠、重点检查、整改落实4个阶段进行，按照“分级负责、层层部署、分口把关”的原则组织实施。其中，卫生部负责抓好部机关、部属(管)事业单位、社会团体和公募基金会的专项治理工作，部属(管)事业单位、社会团体和公募基金会负责抓好分支机构和所属企业的治理工作。部治理“小金库”领导小组办公室将在各单位自查和重点检查的基础上，组织开展重点抽查工作，抽查面不低于20%。
会议强调，对治理中发现的“小金库”，要严格按照“依纪依法，宽严相济”的原则进行处理，对自查发现的问题从轻从宽处理，对被查发现的问题除依法进行财务、税务等相关处理外，还要对责任单位或企业依法予以行政处罚，对有关责任人员追究责任。对在中办、国办《关于深入开展“小金库”治理工作的意见》下发后再设立“小金库”的，要对单位主要领导、分管领导和直接责任人予以免职，再依纪依法追究责任。