《国家自然科学基金申请代码》于2020年10月经国家自然科学基金委员会党组审批已正式印发后实施。申请代码按照“符合知识体系逻辑结构、促进知识与应用融通”总要求，坚持特征优先、粗细适宜、动态优化、服务管理的基本原则，调整一级和二级代码，取消三级代码，进一步规范申请代码名称，做到科学准确、简明规范、内涵唯一。调整后，申请代码层级统一为两层，总量为1389个。其中，一级代码126个，二级代码1263个。
其中，医学科学部变化最大，该学部进一步强化面向国家需求、新兴学科领域发展需求以及交叉融合需求，优化分支领域，调整相应的申请代码，一级代码35个，二级代码381个。其中，原一级代码“H09神经系统和精神疾病”调整为两个一级代码“H09神经系统”和“H10精神卫生与心理健康”；原“H15急重症医学/创伤/烧伤/整形”调整为两个一级代码“H16急重症医学”和“H17创伤/烧伤/整形”；原“H19医学病原生物与感染”调整为两个一级代码“H21医学病毒学与病毒感染”和“H22医学病原生物与感染”；新增一级代码“H24医学遗传学”。此外，对原一级代码“影像医学与生物医学工程”、“职业病学”等进行了重组。