该发明涉及一种信息安全技术，尤其是一种基于虚拟基因组的密码系统的构造方法。该基于虚拟基因组的密码系统有两个互相匹配的密匙，一个是由随机DNA序列组成的虚拟基因组数据库(VGDB)，另一个是VGDB中虚拟基因在2维微阵列中随机分布的位置表，即虚拟基因芯片(VDMC)。任意明文信息可自由地在VDMC上“书写”，也就是在VDMC微阵列上选择组成明文信息的“点”。这些挑选出来的“点”对应着VGDB中的虚拟基因，在这些虚拟基因中随机挑选一个小片段DNA序列，并用生物信息学常用工具BLAST或其它字符串搜索算法如KMP算法确认其在VGDB中的唯一性。密文就是由这些小片段DNA序列组合而成。解密过程只需用这些小片段DNA序列对VGDB进行BLAST，即可找出组成明文信息的“点”，根据VDMC即可恢复出明文信息。密文中可以随意插入任意非VGDB序列而对解密没有任何影响，因而VGC是一个很好的信息隐藏系统。此外，VGC密匙可自我更新，从而实现不可破译的一次一密系统。本发明通过在生物信息学与信息安全领域的交叉学科研究，成功解决了密码学领域一次一密的实际应用问题，在信息安全领域将有非常广阔的应用前景。