2008年，山东省、青岛市先期共同投入1亿元资金，青岛市划拨500亩土地，启动了海洋国家实验室建设工作;2010年，山东省、青岛市决定再增投3亿元，全面加快海洋国家实验室建设。目前，海洋国家实验室建设工作进展顺利，1.39万平方米的主体楼已完成封顶，2011年6月将交付使用。
吴德星表示，在进行基本建设的同时，海洋国家实验室加强了与其他国际著名海洋科研机构的交流与合作，开展了卓有成效的学术活动。2008年成功举办了“国际深海地球及生命科学研究前沿”暑期学校，12位一流海外学者和30余位国内专家讲课，260名国内外学员接受了系统培训。2009年，开始建造国家重大科技基础设施——4000吨级海洋科学综合考察船。科技部、财政部也对海洋国家实验室的筹建进程表示赞许。
两大政策性问题
尽管在国家有关部委和省市政府的关心和支持下，海洋国家实验室建设工作稳步推进，但吴德星也深表担忧：“因遇到较大的体制机制性障碍，海洋国家实验室难以取得突破性进展，从而影响了包括中国海洋大学在内的5所涉海科教单位的学科建设和科技发展。”