见所未见：OptiMS拓展您的质谱潜能
接下来，Lindner教授考察了对修饰后的肽的鉴定。 其中LC-MS条件为：进样770 nL，样品总量为300 pmol。CE-MS的实验条件为：进样7.7nL，样品总量为300 fmol， BGE为0.1％甲酸pH2.7，涂层为M7C4l，分离电压为25kV，E=267V/cm，ESI电压为1.7kV。同样可看到CE- MS（300fmol）的鉴定数目几乎相当于LC-MS（30pmol）的，即灵敏度比LC-MS高接近100倍；在修饰鉴定的种类上，CE-MS会少一 些。
两种技术对比：鉴定翻译后修饰的多肽
Lindner教授认为，CE-MS的分离时间很短，囿于质谱的采集速度，要想获得更多的鉴定结果，需要拓宽分离的窗口，即降低EOF。这时可采用：使用 较少正电荷的涂层，减低分离电压，提高离子强度等方法。Lindner教授比较了几种结果，CE-MS（M7C4l涂层，12.5kV分离电压）获得了非常好的结果。
两种技术对比：鉴定翻译后修饰的多肽
用CESI-MS和LC-MS，共计发现了56个翻译后修饰的多肽，实验条件为：
CESI-MS，进样7.7 nL，样品量300 fmol，毛细管涂层为M7C4l，分离电压为12.5 kV，3次总运行时间为1.9小时（115 min）
LC-ESI-MS，进样770 nL，样品量30 pmol，3次总运行时间为4.1小时（246 min）
总结：翻译后修饰的鉴定
最后，对比贝克曼新型CE-MS和传统nanoLC-MS技术，Lindner教授给予了总结，
（1）在同样的样品量下，CE-MS有更高的灵敏度、更高的序列覆盖率；
（2）使用CE-MS，可提高低分子量肽（800－1200 Da）的检出；
（3）CE-MS技术一般可缩短分析时间，该时间可通过使用不同的毛细管涂层、分离电压和缓冲液来调节；
（4）CE-MS非常适用于分析翻译后修饰的多肽；
（5）CE-MS具有非常明显的一个优势是——极低的交叉污染；
（6）这是一个耐用性（robustness）很好的技术。
（7）CESI-MS和LC-ESI-MS技术是互补的。
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