甲基化往往会抑制基因的活性。它在发育过程中起重要的作用，通过编排基因表达帮助引导胚胎干细胞分化为特化组织。但它也会响应环境变化而发生，这些基因修饰有可能能够遗传。它们还可以促成如癌症和2型糖尿病等疾病。

　　由于人的一生中都可以发生表观遗传改变，它们或许可以提供一些遗传学无法解释的疾病生物学线索。许多通过GWAS鉴别出来的与疾病相关的常见遗传变异都无法完全解释：为何有的人会形成一种疾病，而其他的人却不会。约翰霍普金斯大学表观遗传学中心主任Andy
Feinberg说“原来我们被告知常见遗传变异可以解释常见疾病，结果表明很多的并非如此。环境非常的重要，在生物学中我们几乎没有关注它。”

　　许多科学家们认为，出现不到十年的EWAS领域还没有证实它能够生成真实的见解。“EWAS的问题在于，相比于GWAS有太多因素可混淆结果，”艾伯特爱因斯坦医学院表观遗传学家John
Greally说。例如，相同组织中的细胞之间表观遗传改变有显著的差异，可能很难确定一种变异是疾病的原因还是结果。