5月31日，汉堡卫生官员又宣布，西班牙进口黄瓜虽检出大肠杆菌，但并不是这场疫情的祸首。

　　6月4日，德国媒体援引来自隶属该国卫生部的罗伯特·科赫研究所专家的消息，将怀疑矛头指向汉堡市在5月6日~8日间举办的一次年度庆祝活动，对疫情传染源给出了新推测。

　　6月5日，德国下萨克森州官员宣布，初步检测结果发现，该州一家企业生产的豆芽很可能是疫情源头，呼吁德国北部消费者不要食用豆芽产品。

　　6月6日，该州农业部宣布，德国卫生防疫部门实验室对这家企业的23个样本进行了检验，结果未发现导致疫情的病菌。

　　6月8日，黄瓜再度成为“疑犯”。当日，德国下萨克森—安哈特州卫生部宣布，在对该州首府马格德堡市一个家庭垃圾桶里的黄瓜检查时发现肠出血性大肠杆菌O104∶H4。

　　6月10日，德国国家疾病预防控制中心罗伯特·科赫研究所宣布，确认下萨克森州那家可疑企业生产的豆类和豆芽产品是疫情的病菌来源。