第三条 市科学技术行政部门主管自然科学基金工作，负责研究制订自然科学基金管理政策，统筹协调相关工作。
市财政部门依法对自然科学基金的预算、财务进行管理和监督。审计机关依法对自然科学基金的使用与管理进行审计监督。
第四条 市人民政府设立北京市自然科学基金委员会(以下简称“基金委”)，负责编制自然科学基金发展规划和项目指南，审定自然科学基金资助项目，审议自然科学基金管理的重大事项等工作。
基金委由市人民政府相关部门主管科技工作的负责人和相关研究领域的科学家、工程技术专家、管理专家组成。基金委组成人选由市科学技术行政部门提名，并报市人民政府批准。基金委委员实行任期制，每届任期五年，连续任期一般不超过两届。
市自然科学基金委员会办公室(以下简称“基金办”)承担基金委的日常工作，负责自然科学基金资助工作的具体实施和管理。