然而在论文发表几天后，便有博客作者和投稿者在PubPeer网站上开始质疑论文中所使用的图像。例如论文中的图片存在不自然的线条，似乎是合成图像留下的痕迹；论文中有两张酷似的图片，本是不同的实验，但可能使用了同一只实验鼠的图片；有两处实验手法与其他论文酷似，但是没有说明出处，涉嫌抄袭；而最为关键的一点，是其他研究人员都无法根据论文制作出STAP细胞。加利福尼亚大学戴维斯分校医学院的干细胞研究人员Paul
Knoepfler在其博客上建立了一个网页，希望那些试图重复这一技术的科学家能够在这里报告他们的试验结果。然而没有人能够成功复制这一技术。

　　RIKEN于是在2月13日开始了一项相关调查。然而关于这项研究以及Obokata之前发表的论文的新的质疑依然不断出现。

　　在3月14日举行的新闻发布会上，由RIKEN分子遗传学家Shunsuke
Ishii率领的调查委员会公布了他们迄今为止的调查结果。这份中期调查报告聚焦了论文的6个疑点，但结论却是模糊的。报告指出，其中2个疑点是由于处理数据不当，不属于故意造假，其余4个疑点有必要继续进行调查。该报告写道：“这并不是造假或不当行为。”但调查委员会表示，Obokata确实在此次论文中使用了自己博士论文中的图片。