世界上的重大科学创新大多是自由探索的结果。但自由探索的研究项目往往具有基础性和前瞻性，其应用价值不易在短期内显现。在科研导向上，我国的科技政策长期以应用价值为旨归，基础研究得不到应有的重视。很多从事数学、物理、历史等基础学科研究的青年学者待遇偏低，生活压力迫使其无法安心科研。对于这些青年学者，应配备一定的科研业务经费，鼓励其从事自由探索。
在课题设置上，我国的自由申报课题数量虽多，但资助额度一般不高，重大课题通常采取自上而下的设定机制，与自由探索的宗旨背道而驰。在当前的科研经费分配体制中，科技管理者、院士、学科评议组成员、资深教授等在研究课题设置和科研经费分配的过程中享有主导话语权，接近学术前沿并具有创新意识的青年学者反而没有发言权。要充分激励学者们的自由探索精神，必须打破一小部分人在科研课题设定和经费分配上的绝对权力，避免由少数人制定的“课题指南”主导未来的科学发展方向。