《意见》明确了加快调整医药行业产品结构、技术结构、组织结构、区域结构和出口结构的具体内容。其中，基本药物主要品种销量居前20位企业所占市场份额应达到80％以上；在化学药领域，争取有10个以上自主知识产权药物实现产业化；在生物技术药物领域，争取有15个以上新的生物技术药物投放市场；在中药领域，培育50个以上疗效确切、物质基础清楚、作用机理明确、安全性高、剂型先进、质量稳定可控的现代中药，同时促进民族药的研发和产业化，促进民族药标准提高，加强中药知识产权保护。在医疗器械领域，培育200个以上拥有自主知识产权、掌握核心技术、达到国际先进水平、销售收入超过1000万元的先进医疗设备。
根据《意见》，我国将形成符合国际标准的“长三角”、“珠三角”和“环渤海”三个综合性医药生产基地；中西部地区发挥资源优势，发展特色鲜明的专业性生产基地，形成东、中、西部优势互补的布局。
为了保障加快医药行业结构调整任务和目标实现，我国将鼓励技术创新；加强技术改造；发挥药品价格杠杆调节作用；完善集中采购和临床使用政策；发挥药品监管的促进作用；完善企业兼并重组支持政策；制止重复建设，淘汰落后产品和工艺；推进中药材生产产业化进程；推动医药产业集群化发展；加强运行监测分析工作；发挥行业协会作用，加强行业自律，促进行业健康有序发展。