8日晚，开幕式结束后，由真菌室党支部、分工会和学生会共同组织，诺维信公司赞助的晚会让广大师生嘉宾齐聚篝火旁，载歌载舞，暂时忘却工作和学习的辛劳，度过了轻松愉快的一晚。
9日至10日上午，共有28名博士生、20名硕士生、8名博士后做了年度研究汇报。报告内容涉及真菌地衣多样性及其生态功能、重要类群真菌的系统学研究、真菌DNA条形码研究、真菌发育分化的基因调控及重要蛋白的功能研究、真菌次生代谢产物的活性筛选和化学研究、病原真菌的遗传研究、药用及生防菌株的高效筛选、真菌与其它生物的互作机制，及极端环境真菌多样性及适应机制等。同学们围绕相关科学问题，大胆假设、仔细求证，进行深入的交流和探讨。他们活跃的学术思想和流畅的表述得到了与会专家的肯定。报告同时也包含了10名硕士生、10名博士生、2名博士后的中期考核，及6名博士后的开题报告。
10日中午，真菌室学术年会举行了闭幕式和颁奖典礼。主持人姚一建首先介绍了王文昭、喻浴飞、王婧、管国波等2011年新入室职工，及百人计划入选者黄广华研究员等。随后进行的颁奖典礼把年会推向高潮。由中国科学院生命科学与生物技术局农业农业项目办公室段子渊主任、诺维信中国研发总监吴文平博士、刘杏忠主任等15名专家组成的评委会在认真听取两天的报告后，根据《评奖细则》，严格评审，最后评出了由奇华顿和诺维信国际知名企业与实验室共同设立的冠名奖学金，以及微生物所优秀研究生奖学金的获奖人。企业冠名奖学金每人给予8000元人民币奖励。