巨噬细胞在特异性免疫中的影响
巨噬细胞是一种具多用途多功能的细胞。作为体内的“清道夫”，它们会去除体内那些坏掉死去的细胞以及其他废料。它们是众多个细胞中首个“呈递”抗原的，所以它其中有一个重要的功能就是启动一个免疫反应。另外，作为一个分泌细胞，单核细胞及巨噬细胞对于免疫反应的调整和炎症的发展尤为必需。这是因为它们会大量地产生出一系列强劲的化学物质（单核因子），其中包括酶、补体蛋白和调节因子如白细胞介素1。同时，因为它们身上有淋巴因子感受器，因此可以被激活为仅追击单一的入侵微生物或者肿瘤细胞的状态。
在病原体被消化后，巨噬细胞会把相应抗原（一个分子，常为病原体表面的蛋白质并被免疫系统作辨别之用）呈递予对应的辅助型T细胞。呈递过程中，它们将这些抗原整合至细胞膜，并把抗原结合在主要组织相容性复合体II型分子（MHC II）之上以告之其他白细胞，虽然它有抗原在其表面，但它并非病原体。
随后，抗原呈递导致了抗体的产生。产生的抗体会依附在病原体的抗原上，这使病原体更易被巨噬细胞的细胞膜黏着，甚至被巨噬细胞所吞噬。在一些情况下，有部分病原体能够有效抵抗巨噬细胞的黏附。抗体覆盖着抗原的情形，就如魔鬼毡附着在某物的有毛表面上一样。
在淋巴结中，吞噬了病原体的巨噬细胞的表面所呈现的抗原（MHC II），会刺激I型T辅助细胞（TH1）的增值，而其主因是巨噬细胞分泌的白细胞介素12。当处于淋巴核的B细胞通过其表面的抗体来识别位于细菌表面的相同但未处理的抗原时，这些抗原则会被吞噬以及处理。其后，已被处理的抗原会通过B细胞表面上的MHCII进行呈递。已经增值的TH1上的受体开始对抗原—MHCII复合物进行辨认（在共刺激因子CD40和CD40L存在的情况下），并导致B细胞产生可以帮助抗原调理作用的抗体，使得吞噬细胞可以更好地清除细菌。
巨噬细胞亦会针对肿瘤细胞和一些受菌类或寄生物所感染的细胞作出防卫。当一个T细胞辨认出异常细胞表面的独特抗原时，T细胞会变成一个活跃的效应细胞以释放一种被称之为淋巴因子的化学介质，而这种物质会刺激巨噬细胞令其变得更具侵略性。其后，这些被激活的或“加强的”巨噬细胞则更容易去吞噬及消化这些已受感染的细胞。这种巨噬细胞是不会对抗原产生特异性防卫反应，反而会攻击所有在它被激活之地周围的细胞。
