二是加强项目管理。卫生部专门成立了由分管部领导任组长、相关司局主要负责同志为成员的国家基本公共卫生服务项目协调工作组，负责研究国家基本公共卫生服务项目相关政策措施，协调项目实施过程中的重大问题。成立了由公共管理、专业领域专家和基层医疗卫生机构代表组成的专家组，负责研究国家基本公共卫生服务规范，参与国家基本公共卫生服务项目指导、培训、考核、评估等工作。
三是开展督导检查。卫生部组织对部分省（区、市）基本公共卫生服务项目实施情况进行了督导检查，对各地在工作中存在的问题进行了通报。
四是开展培训和交流。卫生部举办多期政策培训班培训各级卫生行政管理人员。将基本公共卫生服务项目纳入现有基层医务人员培训计划，加强基层卫生人员技术培训。多次召开专题会议，交流工作经验，针对重点任务和主要问题，研究部署工作。
五是开展项目监测和评估。将基本公共卫生服务项目纳入卫生部医改重点工作监测，每季度通过直报的方式，对各项工作任务落实情况进行监测和统计，及时掌握项目进展动态。同时，卫生部还组织有关专家对基本公共卫生服务项目实施情况进行了评估，为科学决策提供支持。