质谱仪和质谱图原理
化学、生物化学和物理学领域的各学科和分支学科的研究人员和专业技术人员通常会用到质谱分析。医药工业领域的工作人员在进行药物发现和药物开发时需要利用MS的特异性、动态范围及其灵敏度，区分复杂基质中紧密相关的代谢物，从而鉴定并量化代谢物。尤其是在药物的开发过程中，药物需要进行鉴定、纯化，确定早期的药代动力学，MS已经证实是不可或缺的工具。生物化学家扩展了MS的使用领域，将其应用到蛋白、肽和寡核苷酸的分析中。使用质谱仪，生物化学家们能够监测酶的反应，确定氨基酸序列，并通过包含有蛋白裂解片段衍生物样品数据库鉴别大分子蛋白。生物化学家通过氢－氘交换在生理条件下形成重要的蛋白-配体的复合物，监测蛋白质的折叠。临床化学家在药物检测和新生儿筛查中也应用MS，取代结果不确定的免疫分析。食品安全和环境研究人员也是这样。他们跟行业中相关的企业工作人员一样，也使用MS，比如：PAH和PCB分析，水质量分析，及食品农药残留分析。确定油组成是一项复杂且昂贵的工作，这刺激了早期质谱仪的发展，并不断推动该技术的继续创新。现今，MS的专业人员可以在各种质谱仪、一系列完善可靠的电离技术中进行选择。
质谱仪可以比一枚硬币小，也可以装满非常大的房间。虽然不同仪器类型有不同的应用，但是其工作原理相同。测量单位为道尔顿（Da），代替其它单位，比如原子质量单位（amu）。1Da=单个碳12（12C）同位素原子质量的1/12。以前认为质谱仪不具定量能力，仅能作为定性设备，辅助化合物的鉴定。但现今，已经证实质谱兼具定性和定量功能。只有分子转化为气相离子后，质谱仪才能测量其质量。为了达到这一目的，质谱仪使分子带上电荷，然后将带电离子流转化为数据系统能够识别的成比例电流。数据系统将这一电流转化为数字信息，得到质谱图。
图 2：a)像色谱图形一样，当总离子电流随时间改变时，总离子电流（TIC）的丰度增加。b)每个峰的数字部分表示此刻的离子，其构成了离子电流，离子电流通常被称为轮廓图或连续采集。X或‘时间'轴为质荷比（m/z），在图谱中（比如同位素）能读出相邻离子的分辨率。c)轮廓图谱通常缩减为‘棒状图，从每个峰的顶点降低质心，形成棒状图，从而减小存放文件的大小，有利于增加分辨信息。对目标分析物，有很多适合的方式，使其电离成离子：
1) 在平面上，激光激发溶解在基质中的化合物，比如基质辅助激光解吸离子化（MALDI）法。
2) 通过与带有能量的离子或电子的相互作用，比如电子轰击离子化（EI）。
3) 自身输送过程的一部分，像我们已熟知的电喷雾电离（ESI），在此种电离中，从液相色谱流出的洗脱液经高电压作用，从气溶胶中形成离子。
例子按照其质荷比（m/z），进行分离、检测而得到测量。将相对离子流（信号）与m/z制图，得到质谱图。小分子通常仅带单一电荷：因此m/z是质量与1的比值。"1"表示在离子化过程中增加了一个质子（表示为M+H+，或如果丢失一个质子表示为M-H-），或如果丢失一个电子形成离子，被称为自由基正离子（M+）。质谱仪的准确性，或质谱仪怎样测量实际真实的质量，可在本入门指南的后续章节中看到。较大分子自身结构的多个位点可捕获电荷。小肽通常能带2个电荷（M+2H+），而非常大的分子具有多个位点，可使用简单的算法，推断谱图中表示的离子质量。
图 3：当准确校正后，低分辨率的质谱仪也可以得到非常准确的质量，但是因为较多的数据挤占了有限的分辨空间，因此不能提供更多的谱图信息。常见的含有9个氨基酸的Bradykinin多肽的代谢片段（BK1-5或Arg-Pro-Pro-Gly-Phe），ACE（血管紧缩素转化酶）用于扩张血管的抑制剂，可携带2个电荷（单个电荷或M+H的单同位素值为573.3149，而双电荷峰，或M+2H为287.1614）。戴带双电荷的同位素峰，也会挤占有效的分辨空间。
能够分析的分子有多大？
解吸电离扩展了分析的能力，可分析分子量大、非挥发性、易碎的分子。对分子量40,000Da的常规检测，其准确度可达0.01%，（即质量偏差在4Da）允许过程中发生较小变化的测定，比如蛋白质的翻译后修饰。可带多个电荷扩展了质谱仪的测量范围，可以超越其设计的上限，可检测1000000Da或更大的质量。
同位素和元素的质谱仪
天然同位素丰度已清楚的表征。虽然通常认为丰度比较稳定，但是同位素丰度可能出现显著的特征性改变。在代谢研究中，应用同位素比例测定（同位素丰富的元素作为示踪剂），在气候研究中，测量温度依赖性氧和碳的变化。在实际中，使用高准确性的质谱仪，测量前，将复杂分子转化为简单分子化合物，这样转化后的化合物能通过扇形磁质谱仪检测。元素分析通常针对无机材料，确定元素组成，而不是结构，在一些情况下，可分析固体金属样品。常见于诱导偶合等离子体（ICP）源，放电器（或较低能量的发光放电）电离样品。在万亿分之一（ppt）水平使用专用仪器检测较为常见。
