如何读懂空间转录组测序数据结果
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后，能拿到哪些结果，是不是存在买家秀和卖家秀的差距？本期，生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析，为大家展示空间转录组测序数据结果。
我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生物学数据集，SC_S1 、SC_S2两个样本，数据分析结果及展示如下：
1. 单样本降维聚类及可视化
空间转录组测序结果是拿到包含空间位置的每个spot的转录信息。因此，根据结果，我们可以对spot为单位的数据进行降维聚类及组织区域分布匹配：
图1 UMAP图（左）和组织学图像（右）
左边是降维聚类展示图，总共分成11个亚群，右边是将11个亚群分布回归到组织块上。
2. 特定区域定位展示
根据空间分布特点，选择感兴趣的类群，进行单独着色定位：
图2 不同亚型空间定位图
3. 多样本叠加可视化
对来自不同样本的数据，可以将这些结果进行合并展示，本结果为两个组织区域接近样本，合并后的UMAP图如下：
图3：多样本共同可视化UMAP图
左图为不同颜色代表不同样本，右侧为13类不同亚群分类图
4. 不同类型cluster细胞类型标记
该部分与常规单细胞转录组测序数据类似，可以根据特征marker基因，对潜在的亚型类型细胞进行标记，如下：
图4 细胞类型分类图
5. 多样本并行分布UMAP可视化
对于多个样本，可以进行单独的分布展示，以从全局角度对两个样本进行对比分析，如下图两个不同样本的UMAP图：
图5 多样本并行UMAP图可视化展示
6. 同基因不同样本特征分布可视化
有了上述的分布图性，可以对某一个特征marker基因，在不同样本中的表达进行可视化展示：
图6：同个基因在不同样本的表达特征图
7. 多样本基因表达提琴图展示
当然，为展示基因在不同样本和不同类型亚群分布情况，可以以提琴图进行展示：
图7：样本marker基因的提琴图
不同颜色代表不同的样本，横坐标为不同亚群，纵坐标为基因表达丰度。
8. 多样本基因表达空间分布可视化
当然，UMAP图和提琴图没法充分显示出空间转录组数据的优势，以下在空间组织上进行不同样本基因表达的同步展示，可充分显示出同一个基因在不同样本中的异同点：
图8：多个样本切片，特定marker的空间组织图形
