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MDAnderson实施分层癌症测序，以实现个性化治疗
MD Anderson癌症中心个性化癌症治疗研究所的研究人员开始对癌症患者实施两层的测序方案，以便指导治疗，并确定合适的临床试验。
MD Anderson个性化癌症治疗研究所的医疗主任Funda Meric-Bernstam在本月出席华大基因(BGI)主办的国际基因组学大会时解释道，患者的样品最初会在CLIA认证的实验室中利用Ion Torrent PGM测序。
她谈道，研究小组使用Ion AmpliSeq Cancer panel，它靶定46种已知癌基因中的热点突变，作为鉴定已知可药化(druggable)突变的第一关，协助将患者放在临床试验中。
接下来，靶定约200个基因的更大范围测序将在研究背景下开展，利用NimbleGen的捕获技术和Illumina的HiSeq 2000。尽管肿瘤学家可访问此数据，但要在CLIA背景下首次确认可行动的突变之后，他们才能行动。
Meric-Bernstam认为，这样做的好处在于AmpliSeq panel能够快速鉴定显而易见、临床上可行动的突变，这样患者能尽快获得适当的治疗，或放在临床试验中。
然而，200个基因的操作更全面，可挑出AmpliSeq panel未发现但仍然相关的突变。此外，200个基因的分析筛查整个外显子，而不是热点区域，Meric-Bernstam谈道。
她认为，这“能够深入了解拷贝数变异”，并让研究小组能评估肿瘤抑制基因，其突变不限于热点区域。
目前，此方案对转移性疾病患者开放，因为他们很有可能有资格参与临床试验。Meric-Bernstam谈道，该中心已经登记了600名患者，希望在明年扩展至大约3,000名。
最初，研究小组重点研究结肠癌和乳腺癌，但已将项目扩展至所有实体瘤，并最终对血液系统癌症开放。如有可能，研究小组会对来自原发肿瘤和转移肿瘤的样品测序，以便“深入了解分子进化”。
下一步是当定向测序不能发现任何可行动的东西时，开始实施全外显子组或全基因组测序。与200个基因的检测相似，这将在研究的基础上开展，但肿瘤学家可访问数据，且必须验证，才能做出基于这些结果的治疗决定。
Meric-Bernstam表示，随着项目的推进，它将让中心有能力“为患者带来更有效的治疗方案”以及“通过提前招募有着已知畸变的患者来协助基于标志物的试验，有能力开展高质量的临床试验”。
主要挑战之一是开发一套基因组决定支持系统。“我们需要更好的算法来鉴定可行动的畸变，”Meric-Bernstam如是说。
从已收集的测序数据中，研究小组构建了一个数据库，包括分子畸变，以及现在所有的已批准药物、研究药物和可用的临床试验，这样在测序完成后，突变可与药物关联。研究药物将链接到临床试验搜索引擎，这样肿瘤学家就能为患者找到适当的试验。
该项目目前由一家慈善基金提供资助，但Meric-Bernstam希望，“随着越来越多的证据建立，它将转变成关怀标准。”
此外，她表示该中心正在考虑在CLIA认证的实验室中引入更多测序。研究小组正在考虑在HiSeq上验证200个基因的测序方案，同时也在评估Ion Proton。
该中心也正在推出一项“不寻常应答者计划”，试图发现“意外应答”患者体内的预测性生物标志物。这包括完全响应药物的患者，有着意想不到的快速发展的患者，或最初响应但随后发展的患者。其目标是确定药物敏感性、耐药性以及获得性耐药性的机制。
Meric-Bernstam谈道，由于“不寻常应答者”计划是面向更多研究的，故该研究小组将从200个基因的分析开始，而不是更具靶向性的AmpliSeq panel，随着资金允许，将扩展到更全面的测序。
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