RainDance的定向DNA测序方案

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RainDance的定向DNA测序方案

2012.11.18

　　当今，生物医学研究面临的一个主要挑战是确定复杂疾病的特定表型下隐藏的遗传变异。就临床可行性和成本而言，与低覆盖度的全基因组测序、甚至全外显子组测序相比，定向测序是目前最有希望且最可行的方式，有望可靠发现人类基因组中的常见和稀有变异。

　　定向DNA测序提供了目标区域的更深度覆盖，实现了全基因组测序无法实现的稀有突变检测。这种聚焦的方式降低了测序和信息学成本，因为只有基因组的一部分被拷问。

　　目标选择对下游的新一代测序(NGS)有着重大影响。由于NGS在转化研究中的作用更突出，故自动化、特异性和灵敏度等关键特性将对测序质量和成本有着至关重要的影响。RainDance提供上述所有特性，确保每个样品的质量最高，而整体成本最低。

RainDance™解决方案

RainDance提供一个完整的定向测序系统，包括自动化的仪器、一套精密的引物设计流水线以及高价值的耗材和试剂。

RainDance™技术	好处
每个样品的数百万个单分子PCR液滴反应	· 通过每个样品的>200万个单重PCR反应，避免多重PCR的需要 · 优化测序能力和均一性
覆盖广度和深度更高	· 拷问基因组中富有挑战性的区域，包括重复序列、剪接点、调控区域和同源性较高的区域 · 区分已知的假基因 · 检测低至1%异质性肿瘤中的稀有突变
精密的引物设计流水线	· 利用高达20,000个扩增子靶定基因组的任何区域 · 实现目标区域中>99%的设计覆盖*
加尾引物避免文库构建	· 显著降低样品处理时间和样品制备成本 · 将特异性提高到>90%
全自动的样品处理：1-96个样品/运行	· 简化的流程，手动操作时间极少 · 样品到测序结果的过程可重复
经过验证的确定内容分析：ADME、自闭症、HLA、肿瘤和X染色体	· 利用与行业领导者共同开发的全面研究筛查产品

　　RainDance™的优势

　　基因组学领域需要一种定向测序方法，既要性能高、经济高效，又要在所有实验室中可行。尽管基于标准聚合酶链式反应(PCR)的技术和基于多重芯片的杂交可用于序列富集，但它们需要权衡覆盖度、质量和成本。RainDance平台带来了您所需的性能，且每个样品的整体成本最低。

　　RainDance™的优势

	RainDance™	杂交	PCR
完全自动化的目标捕获	√	x	x
不需要文库构建	√	x	√
无PCR偏向	√	x	x
高的目标均一性	√	x	x
能够靶定所有基因组区域	√	x	√
高效的捕获范围	√	√	x
每个样品的扩增子目标足够	√	N/A	x

　　它如何工作

　　RainDance™的解决方案借助该公司创新的微型液滴平台来产生数百万个单重PCR反应。基因组DNA样品与智能的微流体芯片上的独特引物液滴混合。在1小时内，每个样品产生超过200万个皮升大小的PCR液滴――每个都代表了一个单分子PCR反应。混合好的液滴收集在单支管中，经过热循环扩增，并在新一代平台上开展测序。

　　它为何更好

　　与其他方法相比，单分子液滴PCR产生了更好的序列均一性和基因组区域的更完整设计覆盖。每个PCR液滴包含了等量的基因组DNA、引物对和PCR预混液。这形成了高度均一的PCR产物，避免了传统多重PCR反应中常见的偏向。此外，每个引物对都是利用RainDance专利的硅片引物设计来设计的，实现了目标区域中高于99%的设计覆盖度。这种特异性水平能够靶定杂交方法所不能靶定的重复和同源的基因组区域。

　　它大大节省时间

　　RainDance的流程让时间和人员受限的实验室能够大大节省：

　　• 减少手动的样品制备

　　• 提供快速的周转时间，这样样品能更快到达测序仪

　　• 为其他高水平任务释放资源

　　它节省总的样品成本

　　影响新一代测序每个样品的总成本的因素很多。尽管样品制备成本代表了前期的支出费用，但正确的方法能够为下游的测序和数据分析节省大量的时间和成本，只要它们积极影响下列因素：

因素	它如何降低总的样品成本
引物设计	正确的引物设计避免脱靶和过量的测序时间及费用
覆盖度	更全面的覆盖减少了额外的Sanger测序验证
特异性	高特异性最大限度提高命中目标的测序通量，并降低下游测序成本
均一性	序列的均一覆盖优化覆盖度并降低总成本
数据分析	高的命中目标序列读取降低在基因组数据库中搜索所需的时间