该项目是中科院“十一五”农业领域立项的重大项目，自2007年启动至今已运行3年，项目通过常规育种、分子标记辅助选择、新种质创制和转基因等技术，建立和完善了小麦、水稻等作物的品种分子设计育种体系，并以小偃麦系列以及生产上大面积推广的水稻品种和重要种质为基础，完成了重要农艺性状的分子设计和改良，培育出了多个小麦和水稻新品种（品系），并在多个农业生态区进行大面积示范推广，项目取得成果和经验将为中科院“十二五”作物分子设计育种研究奠定坚实基础。