院所转制改革还激发了创新的活力。江苏建筑科学研究院有限公司负责人这样描述改制前后的对比：原先事业体制下是“等、靠、要”，现在变成了到市场中找饭吃;过去是“铁饭碗”，现在是“今天工作不努力，明天就要努力找工作”;过去比劳动时间、比吃苦耐劳，现在比工作效能、比创新精神……
发生蜕变的不止江苏建筑科学研究院有限公司。“院所转制后，科研开发从过去依靠政府给项目转变为主动面向市场找项目，强化了技术开发的应用导向，科研开发与市场需求的结合更加紧密。”据翟立新介绍，目前大部分转制院所已基本建立起科技型企业的运行制度， 90%以上的院所建立了企业会计制度和全员劳动合同制度，90%的以上的院所加入了企业社会保障体系。同时，院所在转企的同时推进了改制，以产权多元化和规范法人治理结构为重点加快建立现代企业制度。为促进科技与资本市场的融合，目前大部分中央级转制院所对下属企业实行了公司制改造，已有中联重科、烽火科技等30多家转制科研机构的骨干企业成功上市融资。此外，科技人员的收入明显提高，由于推行了科技成果转化的股权激励办法，很多骨干科技人员拥有了企业个人股份，激发了他们转化科技成果的积极性。