以地高辛或生物素标记的DNA探针与甲醛固定的细胞杂交，接着是一抗检测。当带有不同寡核苷酸DNA序列的二抗与一抗结合时，添加骨架(长接头)和荧光标记的碎片(短接头)寡核苷酸。如果两个不同二抗之间的距离小于170Å，则它们各自的寡核苷酸足够靠近，让骨架和碎片寡核苷酸可同时连接，并最终形成一个荧光标记的环状DNA分子。

　　作者认为，与现有技术相比，ChrISP的分辨率有了大大的提升。STED、PALM成像在视场和荧光选择上存在限制，且第三维度的分辨率不如传统的共聚焦显微镜。相比之下，ChrISP在三个维度的分辨率都可达17
nm，其轴向分辨率有30倍的改善。

　　利用ChrISP方法，研究人员在单细胞水平记录了染色质区域的特点。他们认为，这种方法能够灵活应用在多个方面，例如在转录、RNA剪接和DNA复制过程中如研究染色质结构及相关标记。