刘芝华团队发表食管鳞癌lncRNA转录图谱及其在临床的潜力
食道癌（EC）是一种严重威胁人类健康的消化系统恶性肿瘤，分为食管腺癌（EAC）和食管鳞状细胞癌（ESCC）两种组织学亚型。中国ESCC的发病率较高，约占总EC病例的90%。ESCC早期症状并不明显，多数患者确诊时已是中晚期，其预后较差、5年生存率较低。目前，内镜筛查和早期干预是降低ESCC发病率和死亡率的有效方法。但目前内窥镜筛查多在中国的高风险地区进行。因此，亟需开发可靠的生物标志物以应用于ESCC的早期检测和筛查。
长度超200个核苷酸的长链非编码RNA（lncRNA）被认为是转录调控、染色质重组和转录后调控的关键介质，其表达谱范围广、肿瘤特异性高及在循环体液中稳定性强，在筛选肿瘤诊断和预后标志物方面具有独特优势。但目前仍缺乏对ESCC从组织到体液活检的lncRNA诊断生物标志物进行系统、全面的研究。
近日，中国医学科学院北京协和医学院刘芝华、陈洪岩团队与温州医科大学苏建忠团队合作，在Nature Communications上发表了题为“The transcriptional landscape and diagnostic potential of long non-coding RNAs in esophageal squamous cell carcinoma”的文章。研究团队基于ESCC患者配对肿瘤和邻近正常组织的全转录组数据鉴定了6个lncRNA诊断特征（MLMRPscore），并在多中心跨平台队列中验证了其有效性，MLMRPscore在区分ESCC与正常对照方面表现优良。此外，该研究还发现了5个具有非侵入性诊断潜力的lncRNA，其显示出优于或与当前临床血清学标志物相当的诊断准确性。
研究团队开展了一项多中心、跨平台的lncRNA生物标志物在ESCC诊断中的临床发现和验证研究（图1）。在发现阶段，对来自山西肿瘤医院的93例ESCC患者（SCH发现队列）进行了全基因组筛选，以确定候选lncRNA生物标志物。通过整合多个lncRNA生物标志物，研究团队开发了一个恶性肿瘤风险概率模型“MLMRPscore”，以识别SCH发现队列中的ESCC。在验证阶段，利用不同的多中心和跨平台回顾性队列评估、检测了MLMRPscore的诊断性能，包括三个内部队列（SCH验证队列、CAMS组织队列和CAMS血浆队列），以及4个外部队列（You队列、TCGA-GTEx队列、2个Li队列）。
图1. 研究设计流程图
为鉴定与ESCC相关的lncRNA，研究团队分析了SCH发现队列中93名ESCC患者的配对肿瘤和邻近正常组织的全基因组lncRNA表达图谱（图2），鉴定出2103个差异表达的lncRNA（DElncRNA）。经RF-RFE算法分析、微阵列平台验证，研究团队共确定了6种lncRNA生物标志物，即AP003548.1、PGM5-AS1、ADAMTS9-AS1、MIR503HG、LINC01082和LINC03016。相对于邻近的非癌症组织，在ESCC中，MIR503HG过表达，其余5个lncRNAs表达下调。此外，与6种lncRNA生物标志物共表达的mRNA在许多已知的癌症相关途径中富集。
上述结果证明了6种lncRNA生物标志物在ESCC发病机制中的生物学相关性，并强调了其作为ESCC诊断检测方法的潜力。
图2. 与ESCC相关的lncRNA生物标志物
