“这使我们能将蛋白质组学研究移到一个和基因组社区（genomics community）相似的条件下，带有转录轮廓图，已经[能够]做十种、甚至是几十种形态，然后进行聚类分析。”从而使科学家们“在数据组之外获得信息，这些信息在单一的蛋白质中没有真正显现，但作为一个整体在蛋白质组的模式方面显现出来。”

　　该技术使用一套LC-MS/MS来运行实验，以确定每个蛋白质最好的flying proteotypic peptides。它使用质量包含（mass inclusion）列表驱动的策略，把质量序列时间聚焦在这些最好的flying PTP上，将蛋白覆盖率最大化。对每个蛋白质三个响应最好的肽，关联它们信号强度的平均值和校正曲线，来建立一系列的同位素标记的参考多肽，最终获得待检蛋白质的定量。

　　该技术的定量“不是超精密的”Aebersold说道，估计它能检测到含量比≥1.5倍的差别蛋白，“但是，这种方法非常快”，比给每个蛋白质作重同位素肽标记，这种方法省钱多了。