水利部明确提出从三个方面加快建立健全基层水利服务体系：一是基层水利服务机构。它是以小流域、区域或乡镇为单元设置，作为县级水行政主管部门的派出机构，是国家最基层的水利单位，主要承担水资源管理、防汛抗旱、农田水利建设、水利科技推广等公益性职能，其特性是政府职能的延伸，是基层水利服务体系的基础力量。二是农民用水合作组织。它是按照一定章程，由受益农户自愿组成，自我服务的民间合作组织，它填补了农村小型农田水利工程管理主体的缺位，是解决小型农田水利设施的公共性与农户家庭经营的个体性之间矛盾的有效途径，其特征主要是合作互助，主要从事受益区内水量分配、水费收取、水事纠纷调解，负责末级渠系的建设与管护等。三是准公益性专业化服务队伍，如抗旱服务队、喷微灌设施维修队等。它是为农民提供水利技术服务的专业化队伍，其提供的服务具有准公益性，其特征主要是专业和技术服务。
建立健全基层水利服务体系是党中央对农村水利工作的重要部署，是实现农村水利可持续发展的迫切需要，是适应农村生产经营方式转变的必然要求。水利部要求，各级水行政主管部门要以高度负责的精神，求真务实的作风，切实抓好各项工作的落实，并明确要把基层水利服务机构建设情况作为水利项目立项的重要条件,与项目立项直接挂钩。今年从第三批小农水重点县开始，将建立健全基层水利服务体系作为小农水重点县建设的重要目标。明年要把基层水利服务机构建设作为农田水利工程项目立项的约束条件，推行“先建机制后建工程,不建机制不建工程”的做法，保证工程建得起、管得好、长受益。