各物种的Hox基因
果蝇
果蝇（这里指黑腹果蝇）的Hox基因皆位在其3号染色体右臂上，可分为两个群集。一群称作双胸复合群（Bithorax complex，BX-C），此群集中的Ubx基因若突变，会使第3胸节（T3）变成第2胸节（T2），而且由于正常状态下的翅膀是长在T2之上，因此这样的突变同时会使果蝇长出两对翅膀，并使原本长在T3上的平衡棒（haltere；双翅目昆虫特有的构造，源自其中一对翅膀）消失。此突变最早是卡耳文·布里吉斯（Calvin Bridges）于1915年发现。
另一群基因则称为触足复合群（Antennapedia complex，ANT-C），此基因群集中的Antp基因发生突变时，会使长在头上的触角替换成第二对腿。另外pb基因的突变，则是会使头上的口器变成腿。
两群基因一开始的研究成果，皆是由观察它们对成虫的影响而得。较晚的研究则发现，对果蝇的幼虫（蛆）来说，BX-C影响了T3到A8部分的发育（果蝇分节：头、T1~T3、A1~A8、性器），其中主要的影响位置是T3到A1。ANT-C则是影响头部以及T1到T2部分。
群集名称 | 位置 | 基因（名称意义） | 影响位置 |
ANT-C | 靠近3'端 | lab（labial；唇） pb（proboscipedia；口器足） Dfd（Deformed；畸形） Scr（Sex combs reduced；性梳减少） Antp（Antennapedia；触足） | 身体前部 |
BX-C | 靠近5'端 | Ubx（Ultrabithorax） AbdA（Abdominal A） AbdB（Abdominal B） | 身体后部 |
人类
人类的Hox基因可分成4个基因群集，分别位在不同的染色体上，这些染色体分别是7号、17号、12号与2号。人类的Hox基因在书写时以全大写表达，例如HOXA、HOXB、HOXC与HOXD。此外，这些基因可分成13个平行同源家族（paralogous family），以数字表示，例如HOXA4，HOXB4，HOXC4与HOXD4。这些家族成员的DNA序列与转录出来的蛋白质序列类似。
其中HOXD13的突变会造成多指症（synpolydactyly）；而HOXA13的突变则会导致手脚生殖器症（hand-foot-genital syndrome，HGFS）。另外HOXB群集中的8个成员会影响红血球的发育，其中HOXB4与HOXB7又会影响T细胞与B细胞。
位置 | 基因群集 | 影响头部 | 影响颈部 | 影响躯干 | 影响四肢 |
7号染色体 7p15 ~ p14 | HOXA | HOXA1 HOXA2 HOXA3 HOXA4 | HOXA5 HOXA6 | HOXA7 | HOXA9 HOXA10 HOXA11 HOXA13 |
17号染色体 17q21 ~ q22 | HOXB | HOXB1 HOXB2 HOXB3 HOXB4 | HOXB5 HOXB6 | HOXB7 HOXB8 | HOXB9 |
12号染色体 12q12 ~ q13 | HOXC | HOXC4 | HOXC5 HOXC6 | HOXC8 | HOXC9 HOXC10 HOXC11 HOXC12 HOXC13 |
2号染色体 2q31 ~ q32 | HOXD | HOXD1 HOXD3 HOXD4 | HOXD8 | HOXC9 HOXD10 HOXD11 HOXD12 HOXD13 |
老鼠
老鼠的Hox基因特性与人类相似，分别位在6号、11号、15号与2号染色体上，书写时只有首字母大写，例如Hoxa-11与Hoxd-11。
第3平行同源家族，也就是Hoxa-3、Hoxb-3与Hoxd-3基因，主要作用是产生颈部的脊椎骨。另外Hoxa-11或是Hoxd-11其中一的基因发生突变时，会使桡骨（radius）或尺骨（ulna）产生轻微缺陷。若是两个基因同时突变，则会使两块骨头皆退化。
位置 | 基因群集 | 基因 | |||
6号染色体 | Hoxa | Hoxa-1 Hoxa-2 Hoxa-3 Hoxa-4 | Hoxa-5 Hoxa-6 | Hoxa-7 | Hoxa-9 Hoxa-10 Hoxa-11 Hoxa-13 |
11号染色体 | Hoxb | Hoxb-1 Hoxb-2 Hoxb-3 Hoxb-4 | Hoxb-5 Hoxb-6 | Hoxb-7 Hoxb-8 | Hoxb-9 |
15号染色体 | Hoxc | Hoxc-4 | Hoxc-5 Hoxc-6 | Hoxc-8 | Hoxc-9 Hoxc-10 Hoxc-11 Hoxc-12 Hoxc-13 |
2号染色体 | Hoxd | Hoxd-1 Hoxd-3 Hoxd-4 | Hoxd-8 | Hoxd-9 Hoxd-10 Hoxd-11 Hoxd-12 Hoxd-13 |
