除特殊说明外， 所有项目均应整体申报， 须覆盖全部研究内容和考核指标。 项目执行期原则上为 3～ 5 年。 一般项目下设的课题数不超过 5 个， 项目所含单位数不超过 10 家（除特殊说明外）。 青年科学家项目可参考指南支持方向（标*的方向） 组织申报， 但不受研究内容和考核指标限制， 项目不再下设课题， 申请人年龄不超过 35 岁。 科研试剂和科学仪器两部分指南方向（ 除 5.1 外） 须由科研机构与从事相关领域生产并具有销售能力的企业联合申报， 建立产、 学、研、 用相结合的创新团队。
专项实施过程中， 涉及实验动物和动物实验， 应遵守国家实验动物管理的法律、 法规、 技术标准和有关规定， 使用合格的实验动物， 在合格设施内进行动物实验， 保证实验过程合法， 实验结果真实、 有效， 并通过实验动物福利和伦理审查。 涉及高等级病原微生物实验活动的， 必须符合国家病原微生物实验室有关要求， 并具备从事相关研究的经验和保障条件。