伦理学家Morris Foster担心人们知道了胎儿的基因之后会做出不同的抉择。

　　流产基因有缺陷的胎儿已经引发了争议。Verinata公司今年将提供克氏综合症（先天性睾丸发育不全）的基因测序，而此前的羊膜穿刺术也可以发现克氏综合症，得知缺陷基因的孕妇有一半会选择流产。如果Verinata的非侵入式胎儿产前基因测序得到推广，那么会有更多妇女做出流产的选择。

　　卢煜明认为，胎儿产前基因测序虽然有效，但是服务提供商应该将检测范围限制在20个或最常见的疾病内，“我认为我们应该在道德允许的范围内使用这项技术，分析结果不应该对生命构成威胁。如果检测出胎儿会患糖尿病，他在40岁之前可能并不会影响身体健康。而且未来40年，或许会出现糖尿病的特效药，妇女不应该因为缺陷而选择流产。”

　　奥克拉荷马大学得人类学教授Morris Foster目前担任Illumina公司伦理道德顾问，他跟公司总裁Flatley讨论过对未出生胎儿的基因测序工作：“Illumina应该遵照医师的要求进行基因测序服务。”