在科研目标和项目的选择上，目前国家没有明确的制度。重大科技计划的启动，一般先由资深专家作战略研究，再由较年轻的执行专家和主管部门的处长、司长制定具体规划。

　　如能做到这三者结合，共同制定规划，选择做大事的团队，可能是较好的制度。专家的任期不能太长（国外一般不超过3年），而且要有严格的回避制度。高新技术领域课题立项评审，要多听取下游“用户”单位的意见，甚至可以是由潜在用户单位的专家组成评审团，在项目进行过程中，也应引入竞争和淘汰机制。

　　在科研经费的控制与管理方面，一些制度既不符合国情又不符合国际惯例。863课题、973课题、各部委的开发性项目与自然科学基金的基础研究课题要求大不一样，但目前一律采用与自然科学基金管理方式相同的课题负责制，使得作为法人单位的研究所几乎无法调控，很不利于集中力量做大事。

　　中科院经过10多年的知识创新工程改革，绝大多数研究所已不同于计划经济时代吃皇粮的事业单位，都有了较强的选择科研目标和资源的调控能力。对于国家科研机构，国家预算拨款理应占到研究所总科研经费的60%以上，但现在有些研究所还不到20%，这一比例还不够用于所内人员开支。其实，科研工作是高智力活动，人员开支应该是科研的主要开销，国外的科研开支中50％—80%属于“间接费用”，主要用于人员工资和公共支撑。有关政府部门应该改变观念，制定以人为本的科研经费管理制度。