鲑鱼(如大西洋鲑鱼)，起源于一个硬骨鱼系，在大约2500万到1亿年前，该家系经历了一个全基因组复制事件，被认为处于恢复到二倍体状态的过程中。这种基因组复制，使bi-allelic
SNPs的发现变得复杂，因为在生物信息学分析中，很难将同源位点和独特基因组区域上的真正SNP变异区别开来。目前，利用高通量测序技术，研究人员在大马哈鱼中发现了大量的SNP。为发现鲑鱼SNP而进行的全基因组重测序，仍然非常昂贵，而基因组复杂性降低技术，例如reduced-
representation sequencing(RR-Seq)、RAD sequencing(RAD-Seq)和RNA
sequencing(RNA-Seq)已经成功地应用于这个目的。

　　目前，英国爱丁堡大学、斯特灵大学和Affymetrix(昂飞)公司的研究人员，开发出一种大西洋鲑鱼的高密度SNP基因分型芯片，他们通过对来自几个养殖和野生鲑鱼种群的样本进行分型分析，验证了这些SNP和微阵列。由于大西洋鲑鱼基因组非常复杂，研究人员采用了多种途径来发现SNP，包括RR-Seq、RAD-Seq和RNA-Seq的结合，连同几种同源序列变异(PSV)的排除策略。这种芯片可让鲑鱼育种者选择最好的鱼，培育出高质量和抗病性的鲑鱼品种，以提高鲑鱼的产量。