卫生援疆工作一是要以深化医药卫生体制改革为中心，围绕保基本、强基层、建机制，重点抓好医改五项重点工作;二是要加大培养卫生专业技术人员和卫生管理人员;三是要支持卫生事业中长期规划工作;四是要健全突发公共事件卫生应急体系;五是要开展卫生信息化建设;六是要扶持中医药事业发展。
通过落实好卫生援建的主要工作，将使新疆卫生事业尽快实现跨越式发展：新型农村合作医疗制度取得新突破，实现以县(市、区)为单位的全面普及，医疗保障能力得到加强;疾病预防控制体系、突发公共卫生事件应急救治体系、农村卫生服务体系和基层医疗卫生服务体系进一步健全，医疗卫生机构服务能力和公共卫生应急能力大幅度提升;国家基本药物制度基本建立;公立医院改革取得新进展，医疗服务监管得到加强;卫生人才队伍的整体素质和机构有明显改善，医疗卫生管理水平显著提高;中医民族医药事业得到进一步发展。让新疆各族群众充分感受和享受到对口支援及深化医改带来的实惠。