脂质组 LC/MS自动化鉴定及相对定量（二）
第 1 步
数据分析模块 — 峰提取
• 原始数据文件读取
• 智能峰提取
整合于 LipidSearch 软件中的峰提取引擎能够处理不同 MS 实验和仪器平台采集的数据。综合独特的峰提取算法、区分不同实验和仪器类型、整合先进的谱图处理功能，最终确保精确的谱峰提取。
第 2 步
鉴定模块 — 脂质鉴定
• 特异性脂质类别鉴定（靶向）
• 全面综合鉴定（非靶向）
• 得分算法
LipidSearch 软件提供两种不同的鉴定及对应的得分算法：
• 特异性脂质类别算法用于分析前体离子扫描和中性丢失扫描的数据，通过极性头类别或脂肪酸信息来实现对脂质的鉴定。
• 全面综合鉴定算法用于分析子离子扫描数据，通过与数据库中预测的脂质碎裂模式进行匹配来实现脂质的鉴定。
• LipidSearch 软件提供一系列得分算法以获取可靠性的结果。
第 3 步
定量模块—对齐及定量
• XIC 峰面积积分
• 保留时间对齐
• 相对定量
• 统计分析
在进行定量分析之前，每个样品的脂质鉴定结果会在一个保留时间偏差窗口内进行对齐。脂质的定量通过对全扫谱图中前体离子的提取离子色谱图积分来实现。为精确计算峰面积，会先对色谱峰进行去噪和平滑，然后再分离部分重叠的峰，最后进行计算。控制组与对照组之间的统计学差异比较通过 t 检验进行，每组峰面积的平均结果用“箱须图”展示。
CoQ7, [M+NH4]+的对齐结果
野生型与突变体酵母菌株脂质轮廓分析揭示各脂类的细微变化
野生型（WT）酵母菌（S. cerevisiae）在消耗完培养基里的葡萄糖之后（二相生长点，diauxic shift point）还能继续生长，而突变体（KO）菌株由于 CoQ 合成有缺陷，无法继续生长。取二相生长点之后的野生型和突变体菌株样品，用 Thermo ScientificTM Q ExactiveTM 四极杆- 轨道阱质谱仪在 MS 和数据依赖 MS2 模式下进行脂质组分析。
第 1 步
数据处理
在包含 MS 和数据依赖 MS2 谱图数据的 LC/MS 原始文件中检索可能的脂类化合物，包括 FA（脂肪酸）、鞘氨醇、Lyso-GP（溶血甘油磷脂）、MG（ 单烷基甘油）、GP（PA、PC、PE、PG、PI、PS）、Cer（神经酰胺） 和 CoQ（ 辅酶） 等。检索质量偏差设置：前体离子的质量偏差窗口设为 5 ppm，子离子设为8 ppm。所有样品鉴定结果在 0.25min 的保留时间窗口内进行对齐并生成综合报告。在本实验的数据文件中，共鉴定到 738 个脂质及异构体，对应 542 种不同的分子式。
酵母菌脂质的 LC/MS 色谱图
