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筛选寡核苷酸针的原则

2022.4.25

一.长18~50nt,较长探针杂交时间较长,合成量低;较短探针特异性会差些。

二.碱基成分:G+C含量为40%~60%,超出此范围则会增加非特异杂交。

三.探针分子内不应存在互补区,否则会出现抑制探针杂交的“发夹”状结构。

四.避免单一碱基的重复出现(不能多于4个),如-CCCCC-。

五.一旦选定某一序更符合上述标准,最好将序列与核酸库中核酸序列比较,探针序列应与含靶序列的核酸杂交,而与非靶区域的同源性不能超过70%或有连续8个或更多的碱基的同源,否则,该探针不能用。

按上述原则选出的探针会增加成功的机会,选定后进行合成与标记,并摸索合适的杂交条件。方法是制备几张点有特异靶DNA和不相关DNA的膜,各膜分别在不同温度下与探针杂交,特异靶DNA杂交信号强而非特异DNA不产生任何杂交反应的就是最适杂交温度。在进行点突变检测杂交的反应时,洗膜条件和温度物选择往往更为重要。所选漂洗条件必需使野生型靶DNA与探针产生强的杂交信号而突变型靶DNA则不产生杂交信号,这可以通过逐渐提高洗膜温度来完成。


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