碱性凝胶电泳的实验步骤
1．样品的浓缩效应
以往不连续电泳系统中，含有上、下槽缓冲液(Tris—Gly，pH8.3)、浓缩胶缓冲液(Tris—HCl，pH6.8)、分离胶缓冲液(Tri s—HCl， pH8.8)，两种凝胶的浓度(即孔径)也不相同。在这种条件下，缓冲系统中的HCl几乎全部解离成Cl一，两槽中的Gly(pI一6.0，pK a=9.7) 只有很少部分解离成Gly的负离子，而酸性蛋白质也可解离出负离子。这些离子存电泳时都向正极移动。Cl一速度最快(先导离子)，其次为蛋白质，Gly负离子最慢(尾随离子)。离子Cl一很快超过蛋白离子，因此在其后面形成一个电导较低、电位梯度较陡的区域，该区电化梯度最高，这时在电泳过程中形成的电化梯度的不连续性，导致蛋白质和Gly离子加快移动，结果使蛋白质在进入分离胶之前，快、慢离子之间浓缩成一薄层，有利于提高电泳的分辨率。
2．分子筛效应
蛋白质离子进入分离胶后，条件有很大变化。由于其pH升高(电泳进行时常超过9．0)，使Gly解离成负离子的效应增加；同时因凝胶的浓度升高，蛋白质的泳动受到影响，迁移率急剧下降。此两项变化，使Gly的移动超过蛋白质，上述的高电压梯度不复存在，蛋白质便在一个较均一的pH和电压梯度环境中，按其分子的大小移动。分离胶的孔径有一定的大小，对不同相对分子质量的蛋白质来说，通过时受到的阻滞程度不同，即使净电荷相等的颗粒，也会由于这种分子筛的效应，把不同大小的蛋白质相互分开。
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