与过去的科技项目“自由申报”不同，此次科技部对各项目申报主体也给出了明确的指标限制，改“自由申报”为“限项申报”。
科技部近期发布的项目指南中，明确了限项申报的分配额度：教育部400项，中科院100项；全国各省、市、自治区，根据其综合科技进步水平指数，分别为30或20项。教育部所属高校和中科院系统的项目申报限额总数低于各省指标总额。
这一举措意味着国家高新技术产业发展政策正在向地方倾斜，今后地方单位参与国家高新技术产业发展计划的比重将进一步加大，而过去具有较强科研优势的中科院和高等院校，将面临从增加项目数量向提升高新技术水平转变的挑战。