市场已经受到影响。今年10月底公布的仪器公司新一轮财务报告令人忧心，比如，位于加州圣地亚哥的荧光公司( Illumina )拥有测序市场最大的份额，公司在2011年第三季度的利润比2010年同期下降了43%，公司将原因归于高昂成本和超过预期的糟糕销售情况，计划裁员200人，约占公司全球员工数的8%。

　　位于加州卡尔斯巴德的生命技术公司表示，得益于离子洪流机器的强劲销售，公司2011年第三季度的销售比2010年同期增加7%，但考虑到未来的困难，公司仍计划裁员并削减成本。今年9月，位于加州门洛帕克的太平洋生物科学公司被迫裁减28%的员工，约130人，并降低其2011年的收益预测。

　　新一代基因组测序仪可应用于临床遗传风险的筛选和遗传疾病的诊断。在现实令人忧心、未来不容乐观的情形下，许多测序公司将目光对准了生物医学的新市场。比如，荧光公司设立了商业部，促进其工具在临床诊断中的应用。与此同时，生命技术公司宣布将推出一项帮助预测患者对一种新癌症药物个体反应的基因试验，该药由总部位于英国的制药公司葛兰素史克研制，已进入第三期临床试验;生命技术公司还表示将在俄罗斯开展一个900万美元的医学分析仪器系统销售计划。

　　丹・伦纳德是波士顿一家健康投入顾问公司的分析家，他认为走向临床应用是测序仪业界发展的希望所在。