根据Rph1核心区的结构与JMJD2A核心区结合H3K36me3肽段复合物的结构比对，研究人员推测Rph1的底物结合位点位于核心区域的表面，主要由长的b-发卡结构、a-螺旋和环状区域形成的混合结构域、以及保守的JmjC结构域构成；甲基化的H3K36可以伸入到JmjC结构域形成的口袋中，通过与几个保守氨基酸的氢键作用来稳定其结合。基于这些分析和比较，结合点突变、体外组蛋白去甲基化酶活检测和酵母表型筛选实验，他们发现突变与Ni2+、a-酮戊二酸和肽段结合位点的氨基酸后，Rph1丧失酶活性，同时也丧失在酵母体内促进转录延伸的功能、从而导致酵母生长缺陷。
以上的研究结果揭示了酿酒酵母中组蛋白去甲基化酶Rph1底物特异性识别和催化机制。该项工作得到国家科技部、国家自然科学基金委、中国科学院和上海市科委的经费支持。