早在1994年，燕京就通过了质量管理体系认证和产品质量认证。此后，燕京又导入先进的HACCP管理体系，对原材料贮运过程、啤酒酿造过程中可能导致啤酒发生物理、化学及生物污染的位点进行了系统排查，确定了35个需要重点控制的“关键点”。同时，根据啤酒的国家标准制定了22项从原材料入厂到产品出厂的企业内控标准，对近50个重要的理化指标进行跟踪管理。2004年7月，经过国家有关部门严格的环境检查和对生产流程的监控，燕京啤酒成为中国大型啤酒企业首批获得国家“绿色食品”认证的企业。
原材料的质量优劣直接影响到啤酒的最终质量。燕京在原材料采购上制定了比国家标准更为严格的企业内控标准，进厂的大麦和大米都要进行各种理化指标的检测。燕京啤酒生产用水全部采自地下200米以下的深井水，并定期对水样进行各种菌群的检定和重金属含量的检测，以防止水源受到污染。燕京的啤酒瓶已全部更换为小容量的专用瓶，并建立了严格的杀菌工艺，保证回收的啤酒瓶洗完后全部达到标准。