实验室流程是：中草药提取物，实验动物给予中草药提取物后，收集各种体内和体外生物样本，来建立它们的化学成分谱和代谢物谱（profiles）。在建立这些profiles时要优化HPLC条件，尽量把成分分离好，避免干扰。然后再优化质谱条件满足测定要求。

　　在建立好化学成分谱和代谢物谱后，再进行中草药提取物的分析、各种生物样本和空白的分析，初步分析后，尽量根据信息来获得一些对照品，来推导质谱裂解的规律。在清楚规律后，再对两谱的未知成分进行推导和鉴定。其中，一定要获得高质量的一级MS的高分辨质谱数据（HRMS data of precursor），从而推断准确的分子组成；尽量获得UV谱图，帮助判断化合物的大概类型（利用Metwork）；用MSn和高分辨MSn数据（MassFrontier软件），获得肯定的裂解机理和规律、方便推导结构。在鉴定各个成分的化学成分后，再根据文献和项目组中的一些药效学的研究结构，来确定活性成分（可能是多个或一个）。在上述都搞清楚后，所进行的药效学研究、药代动力学研究、质量控制，才是有意义的，因为这跟中草药的活性是相关的。