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两项尖端分子技术联合:发明新HIV筛选方法

2007.7.05

尽管抗HIV药物鸡尾酒在全球减少了HIV相关死亡病例并在一定程度上改善了HIV患者的生命治疗,但是目前越来越多的药物抗性HIV病毒株对目前的治疗药物效果产生威胁。现在,来自美国宾州大学医学院的研究人员开发出一种能够同时分析多种HIV变体的药物抗性筛选方法。

通过结合两种基因化验方法,Frederic D. Bushman教授和同事能够迅速获得多种药物抗性HIV样本的基因序列。这项研究的结果刊登在本月的Nucleic Acids Research网络版上。

研究人员解释说,在启用新的药物之前确定出少数的药物抗性病毒变体具有重要意义,这样能够发挥药物的最佳疗效。

HIV感染的治疗药物常常因为病毒的抗药性突变而失效,而一些少数的抗性病毒能够快速发展起来成为优势病毒株,进而导致药物疗效的丧失。

据联合国艾滋病规划署(UNAIDS)统计,全世界大约有4000万人患有艾滋病。通常所说的抗病毒鸡尾酒能够通过干扰不同复制阶段的病毒来缓解HIV病毒的不利影响。尽管抗病毒药物的混合使用被证实有效,诞生HIV的快速突变形式则使治疗结果变得很难预测。(联合国艾滋病规划署(Joint United Nations Programme on HIV and AIDS,缩写UNAIDS)是全球范围内组织、推广及协调世界艾滋病运动的机构。)

为了增加HIV筛选技术的灵敏性并减少检测所花费的时间和金钱,Bushman和同事分析了7个突变HIV病毒株样本,其中包括三个多药物抗性患者的HIV样本。

DNA条形码是一种新出现的方法,它将一小段DNA作为确定物种的通用产品编码。该主要是利用紫外线对被检测物质在不同颜色光照条件下进行荧光分析,而后由电脑对其分析结果进行识别分类确认。

Pyrosequencing(焦磷酸测序)技术是新一代DNA序列分析技术,该技术无须进行电泳,DNA片段也无须荧光标记,操作极为简便。Pyrosequencing技术是由4种酶催化的同一反应体系中的酶级联化学发光反应(参见Pyrosequecing的原理),在每一轮测序反应中,只加入一种dNTP,若该dNTP与模板配对,聚合酶就可以将其掺入到引物链中并释放出等摩尔数的焦磷酸基团(PPi)。 PPi可最终转化为可见光信号,并由PyrogramTM转化为一个峰值。每个峰值的高度与反应中掺入的核苷酸数目成正比。然后加入下一种dNTP,继续 DNA链的合成。

利用DNA条码(DNA bar coding)技术,研究人员能够同时确定出多个HIV突变体的序列。研究人员还使用一种新的DNA测序技术——Pyrosequencing(焦磷酸测序)技术来确定药物抗性突变,这种技术能够使研究人员在一天的时间里确定出一个DNA序列的数百万个碱基对。通过联合这两种方法,研究人员就能够在一次检测中对数十万个HIV变异体进行药物抗性筛选。

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